金門豐富的傳統聚落、軍事遺址、民居建築及多樣化的人文與自然生態是建築學習的豐富養分，本系以此為涵養，培育空間設計、構築技術及社會關懷之理論與實踐並重、公私部門協調合作的人才，並透過設計課程、研究議題及工作坊的方式，常態性地與臺灣、大陸及世界各地的建築相關學系與機構進行交流。
本系於94年8月1日正式招生，時為國立金門技術學院「建築與文化資產保存系」， 96年8月改名為「建築系」。99年8月1日配合本校升格並改制為「國立金門大學」，而正式名為「建築學系」。100學年度成立碩士班，延展建築學的研究面向。101學年度起，為與世界建築教育潮流相接軌，學士班學制改為修業五年制。本系教師為涵蓋歐洲（英、德國）、美洲（美國）和亞洲（日本、台灣）等知名學府畢業之師資，以提供跨地域性的研究視野，培育全方位之建築人才為目標。