為因應當前世界建築教育之潮流，及強化建築專業訓練，本系為「修業年限五年」之建築專業學制。2013年起，並於全國各大學建築學系中率先將建築設計(1)~(9)之核心課程調升為每學期6學分，與國際上當代建築教學需求接軌。未來，本系在既有之基礎上，將強化各項課程之規劃，及提昇數位建築設計等相關學習，致力培養永續環境與建築設計、文化資產保存與規劃能力的整合性專業人才。
（1） 金門地方雖小，但歷史淵遠流長，歷代均有文人武將的豐厚事蹟，包括了產出49位進士，這個數量比起全台灣歷史上之進士還多。不論閩南文化、僑鄉文化，以及保留下來的冷戰時期軍事風貌，均在此小島中豐富蘊藏。至今，保存了台灣地區中最完整的閩南傳統聚落、閩南建築與僑匯洋樓，並保有著名戰地史蹟，受到國內外學術界的重視，Quemoy，金門之外語名稱，早已揚名海外與歷史。
（2） 金門有中華民國轄區唯一擁有之多處宋代古蹟遺址，與數量龐大的明清時期相關遺產。至今，指定古蹟共有93處（含9處國定古蹟）、登錄歷史建築147處，並維持閩南特色聚落共50餘處，可說整島均為文化資產的寶庫，金門更是全台灣18處世界遺產潛力點之一，在文化遺產的保護上需要許多專業人才，金大建築學系的重要發展方向之一，即是培養學生具建築文化遺產保存之知識與專長。
（3） 因為金門保有重要的人文與戰地史蹟，因此在金門成立了我國第六座國家公園「金門國家公園」，不僅如此，金門更保留了極豐富的生態體系及環境資源。在這，處處美麗且文化豐厚，讓人驚奇！
（1） 在這樣極具歷史人文的環境中，本系的課程除了專業的建築基本知識學習及技能練習外，更加重了「文化資產」與「建築保存維護」的深度課程，盼結合這個千年傳統的環境與歷史，將教學導入社區、聚落與生活中。
（2） 此外，建築節能的議題已是營建或修護過程中必須考量的重點。在金門，為能維持與推廣島嶼環境之節能減碳目標，本系亦強化了綠建築與節能減碳之課程學習，教學活動更與在地之需求相互配合，也成為系上教學特色之一。
（3） 主要課程與研究方向劃分「歷史保存規劃」、「永續環境設計」、「城鎮規劃設計」等領域。針對閩南傳統聚落、建築保存維護、島嶼生態，透過保存技術、科技應用等跨領域的研究，培育建築、聚落與文化景觀保存、建築再生能源及環境資源維護、城鎮規劃與設計之專業人才。
（4）為強化學生的建築專業能力，本系於105學年度開始，大四下課程採全學期校外實習，學生至建築師事務所實習，以培養其實務能力。
（5） 這樣的課程規劃方向，比起其他大學建築學系的學習，更能朝結合在地資源並順應當今潮流之方向邁進，這也是本系最重要的主軸特色！
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